1944年的8月4日，全副武装的盖世太保在荷兰纳粹的带领下一同闯进了科伦公司，逮捕了所有密室成员，以及他们的保护人克莱勒先生和库菲尔斯先生，将他们统统送进了荷兰的纳粹集中营。经过短暂的停留后，9月3日，所有的犹太人被装入牛车押往奥斯维辛集中营。

盖世太保将密室劫掠一空。几天后，办公室清洁女工在整理遗留下来的书籍和海报的时候，发现了安妮的日记，将它转交给梅爱朴夫人和艾丽沃森小姐保管，战争结束后这两位好心的女士将这本珍贵的日记交给了在集中营里唯一存活下来的安妮爸爸，受尽磨难的安妮爸爸含泪将女儿的日记付梓出版。

密室的8个成员中，凡·达恩先生被送进了毒气实验室当实验品，最终被毒死了；安妮的爸爸侥幸逃脱，并最终生还。安妮的妈妈于1945年1月5日死于集中营。1945年的2月到3月，姐姐玛戈特和安妮先后因斑疹伤寒死于贝尔根贝尔森集中营。