据谷应泰的《明史纪事本末》记载，青州教谕刘固曾因母老乞归，景清致书刘固，要他回京任职。只是因为这种引荐的关系，刘固受到株连。他和儿子刘超、弟弟刘国、母亲袁氏同日受刑于聚宝门外。儿子刘超臂力过人，临刑时仰天一呼，捆绑他的绳索被挣断。这个年轻人随即夺过刽子手的屠刀，连杀场上十余人，后终被磔杀而死。

此风一开，无辜受牵连被杀者不胜枚举。监察御史高翔也是被朱棣看中的人才，本来准备授官的。可这书生偏偏不肯，丧服入见，又出言不逊，结果家遭族没。朱棣还命人挖开其祖先的坟墓，将墓中遗骨掺杂上一些牛马的骨头，一起焚成灰扬掉，亲党也全数戍边。高家被籍没的田产都征收特重的赋税，目的是“令世世骂翔也”。其祖上墓地旧址因而被称为“漏泽园”。这种连耕种其田地的普通百姓也要受到株连的做法，在历史上实在是闻所未闻。《明朝小史》还记载了大理寺少卿胡闰的故乡遭到“瓜蔓抄”后的一片凄惨景象：文皇(朱棣)既抄没其一族，男女二百一十七人。所居之地，在府城西隅硕铺坊，一路无人烟。雨夜闻哀号声，时见光怪。尝有一猿，独哀鸣彻晓。东西皆污池，黄茅白苇，稍夜，人不敢行。

在建文遗臣们惨烈死去的同时，他们的妻女也受到人们无法想象的***。黄子澄的妹妹和齐泰的一个姐姐、两个外甥媳妇都被朱棣发付教坊司当做娼妓，遭轮奸后生下孩子。这在史籍中有多处记载。《奉天刑赏录》中的叙述虽文采不足，但却真实可信：

永乐十一年正月十一日，本司（教坊司）右韶舞邓诚等于右顺门口奏，有奸恶齐泰的姐并两个外甥媳妇，又有黄子澄妹，四个妇人，每一日一夜二十余条汉子守着。年小的都怀身，节除（夕）夜生了个小龟子，又有个三岁的女儿。奉钦：依由他。小的长到大，便是摇钱的树儿。又奏，黄子澄的妻生一个小厮，如今十岁也。又有，史家有铁铉家个小妮子。奉钦：依都由他。

这些无辜的女子都被刺了字，在教坊司被人任意糟蹋。因为这时已是永乐十一年（1413年），黄子澄妻子生的那个孩子十岁，显然是在教坊司被奸污后生的。铁铉的两个女儿也被发往教坊司为娼，但数日始终不肯受辱。她们二人各赋诗一首，交给铁铉往日的一个同官。其长女诗云：

教坊脂粉洗铅华，一片闲心对落花。

旧曲听来犹有恨，故园归去已无家。

云环半挽临妆镜，两泪空流湿绛纱。

今日相逢白司马，樽前重与诉琵琶。

其次女诗云：

骨肉相残产业荒，一身何忍去归娼!

泪垂玉筋辞官舍，步蹴金莲入教坊。

览镜自怜倾国色，向人休学倚门妆。

春来雨露宽如海，嫁得刘郎胜阮郎。

这位同官将铁铉二女的诗呈上，朱棣知道二人志不可屈，不知怎的动了恻隐之心，于是传令赦出。这段史实后来还被明末陆人龙演绎成《型世言》中一段引人泪下的故事。

这些遗臣的妻女有不少人被活活折磨死在教坊司。副都御史茅大芳被杀后，其妻张氏年已五十六岁，仍被发送教坊司，同年病故。教坊司奏请处理，得到的圣旨是：“着锦衣卫分付上元县抬去门外，着狗吃了。钦此。”还有一些女眷被配给家奴，如果这家奴不是太凶残，身份虽低贱些，但对这些女子来说就算是比较好的下场了。御史谢升的妻子韩氏被送往淇国公丘福营中，“转营奸宿”，夜夜遭人强暴，日日以泪洗面。这也算是对建文遗臣一种独特的惩罚。

这一幕幕悲剧，几乎是在与建文遗臣被杀的同时发生的。但是无论在当时还是在后世，人们为那些慷慨赴死的遗臣们欷歔泪下，感慨万端，却不曾留意这些女性悲惨的命运，更少有人去专门记写她们。后人只是从历史的缝隙中，才看到了这惨不忍睹的一幕。

对建文遗臣的这场大屠杀，前后延续了十余年，无辜罹难者成千上万，难以尽数。其杀戮之惨，手段之恶，株连之广，甚至超过了异族入侵，确为历朝历代所罕见，因而遭到后世许多人的严厉谴责。有人批评说：“当日文皇之暴，甚于嬴秦，奸党之诛，烈于东汉。”清朝乾隆皇帝在北京见到永乐初年铸造的觉生寺大钟时，也曾写诗道：“瓜蔓连抄何惨毒，龙江左右京观封。谨严难逃南史笔，忏悔讵赖佛氏钟。……欲藉撞杵散愤气，安知天道怜孤忠。榆木川边想遗恨，凫氏徒添公案重。”他认为朱棣铸永乐大钟，是对“靖难”滥杀的一种忏悔。究竟是否如此，已经很难推断了，但有一点似乎已被史家所认同：这种滥杀成了朱棣一生的一块心病。永乐二十二年（1424年），也就是朱棣死去的那一年，新科进士邢宽被点为状元，实际上就和朱棣的这种心理因素有关。邢宽与“刑宽”同音，取刑罚宽大仁慈之意。这恰恰从另一个侧面告诉人们，朱棣在处治建文遗臣的问题上，完全站在宽大的反面。

用专制的屠刀对付那些没有反抗能力的文人，并且广为株连，这算得上中国封建社会的传统，而这些文人却又偏偏不肯屈服，虽阖家阖族赴死，仍然毫无惧色，一个个都是铁骨铮铮。他们宁肯为朱允炆的建文新政殉身，也不愿再回到藩王军人统治的暴政之下。明人朱鹭在《过金陵吊方正学诸臣》的诗中这样写道：“四年宽政解严霜，天命虽新故忍忘？自分一腔忠血少，尽将赤族报君王。”多少道出了他们怀念故主，甘为开明政治献身的心情。“吾徒虽死终无憾，望采民艰达圣明”，他们还希望以自己的慷慨赴死，唤起执政者对百姓的同情。

文武之别

与那些被惨杀的文臣相比，大多数握有兵权的建文朝将领，都是被迫自杀或者被暗杀的。当初和铁铉一起抵抗燕军的盛庸，不像铁铉那样遭到极刑。他于燕军攻入京师后率所部降附，朱棣命他镇守淮安，对付不肯降附的铁铉及其属下诸郡。但到第二年，朱棣还是借千户王钦及都御史陈瑛讦劾，迫使盛庸自杀了。

朱棣最初榜示“奸臣”五十余人中，武臣只有卢振、廖镛、宋忠三个人。有人说：“文皇移檄远近，列奸臣状，深恨左班文职，不及一武臣，意以阴收勋旧为将来襈李景隆地欤？”朱棣的目的显然不仅在此。他不将矛头指向武臣，主要还是为防止造成军事上尖锐对立。孙岳是抵抗燕军的武臣，燕军南下，他曾撤寺材为战舰楼橹，大修守战器械，迫使燕军改道。朱棣即位后不过遭劾谪遣。可是那些在“靖难”之初携印逃亡的北平布政司所属州县官二百一十九人，却被下令入粟赎死，并发兴州充军屯戍。对待文臣武臣态度之别，竟如此悬殊。

说起来，朱允炆的武臣们也大都缺乏文臣们那种视死如归的骨气。除去“靖难”之初即被撤换的老将耿炳文之外，李景隆是开金川门迎降的，盛庸是率余众附降的，顾成、平安是被俘后归降的，何福也在朱棣即位后投降。只有两位皇亲国戚不肯甘休，同朱棣闹了一阵子。一个是魏国公徐辉祖，一个是驸马都尉梅殷。

徐辉祖在燕军入城时，曾指挥守军毫无希望地抵挡了一阵，后来看到大势已去，独自跑到父亲中山王徐达祠中，不肯迎降。让他自供罪状，他只是在上面书写其父开国功勋和封爵铁券中免死之语。朱棣大怒，又不好下手，于是废其爵位，禁锢在私第里。永乐五年（1407年）五月，朱棣的皇后徐氏病故后，徐辉祖随即就莫名其妙地死了，前后相隔不到一个月。据谈迁的《国榷》记载，当月月底，徐辉祖子徐钦嗣魏国公爵位。但查继佐却在其《罪惟录》中指出，直到永乐十八年（1420年），朱棣想起皇后徐氏的好处，才决定让徐辉祖的儿子继承祖父、父亲的爵位，并赐名为钦。无论如何，朱棣对于徐辉祖的态度是既恼且恨的，只是顾念妻子与其兄妹之情罢了。所以，查继佐很自然地会想到，徐辉祖之死是被朱棣勒令自裁的。

梅殷曾受朱元璋密令辅佐朱允炆，但“靖难”之中，他并未得到重用，只是在燕军南下时，才被命以总兵官镇守淮安。淮安是南下要道，朱棣本拟假道淮安，遭到梅殷的拒绝，迫不得已改道南下。朱棣夺位后，梅殷仍拥兵淮上。朱棣恐怕有变，让梅殷的妻子宁国公主写血书劝他还京。梅殷见书后恸哭一场，离淮回到京城，很不情愿地去见朱棣。

“驸马劳苦。”朱棣这样说，不知是真心问劳，还是存心讥讽。

“劳而无功耳。”梅殷冷冷地答道。朱棣见状，心里很不痛快，悻悻然沉默下来。

两年后十月里的一个早晨，梅殷入朝，走在笪桥上时，遇到前军都督佥事谭深、锦衣卫指挥赵曦，三人并排走了没两步，忽然，谭深和赵曦一起向梅殷一侧挤来。梅殷躲闪不及，慌忙间落入水中。桥上众官员见状乱作一团，却没有一个人去救，直看着梅殷上上下下扑腾了一气，终于溺水而死。

事发之后，开始只以梅殷自己投水报闻，可是宁国公主听说后大哭大闹，揪住朱棣的衣服向他要人，朱棣被宁国公主弄得狼狈不堪，恰在这时都督同知许成又来揭发所见真相。朱棣见躲不过去，只得把谭深、赵曦传来问罪。两人一听要以害死驸马罪论处，发起急来，高喊：“此上命也，奈何杀臣！”朱棣急命左右金瓜力士敲落二人牙齿，不让再喊，遂将他们斩首。

暗杀梅殷一事搞得朱棣非常被动，他遣官为梅殷治丧，并且封梅殷的儿子们官职，揭发此事的许成也被封为永新伯，就这样将事情掩盖了下来。他在当时给宁国公主的书信中写道：

驸马殷虽有过失，兄以至亲不问。比闻溺死，兄甚疑之。都督许成来首，已加爵赏，谋害之人，悉置重法，特报妹知之。

显然是不许再提及此事了。

为了维持自己的统治，朱棣以各种手段诛杀了朱允炆的大批遗臣；然而同样为了维持他的统治，他还需要更多的官吏像忠于朱允炆那样忠于自己。因而这场屠杀与朱元璋杀戮功臣的做法是有所区别的：其一，朱元璋所杀功臣，均被指为图谋叛逆的“奸党”。建文遗臣虽然被指为“奸党”，但实际上都是忠于朱允炆的忠臣。朱允炆又并非昏暴之君，颇为后世史家同情；相反，朱棣得位继统，则有明显的“篡弑”之嫌。其二，朱元璋时代的功臣，大都是开国新贵，与整个明朝的文人阶层关系不深。建文遗臣们则大都是典型的文人士子，与后世史家有着千丝万缕的联系。其三，朱元璋杀戮功臣目的在于保障君权的集中和朱氏天下统治，朱棣则主要在于证明自己夺位名正言顺，同时还出于政治报复。正由于这些缘故，建文遗臣们的事迹才被后世所大力宣扬。

这种褒扬是有一个过程的。由于朱棣的追治和禁令，建文事迹随着时间的推移，已渐渐不大为人所知。明人张芹曾说：“诸先正之死烈矣！于今才百余年，而遗事已落落无传，至有举其名而懵然者。”到嘉靖、隆庆以后，这些事迹才逐渐在士林中传播开来。以记一樵夫身殉建文为例，在《逊国臣记》、《偃暴谈余》、《建文编年》、《会稽志》、《七修类稿》诸书中便有多种不同记述。

传说为忏悔滥杀、超度冤魂所铸的永乐大钟，后来的命运也颇多曲折。万历年间，陈列大钟的汉经厂已房屋破败、荒草没膝，于是大钟被迁往京西万寿寺，一路万牛齐拉，移了数月；天启年间却又被人从寺内高悬的横梁上扔了下来。原来朝臣们奉旨寻找社会动荡的原因，竟认为是永乐大钟在作祟，因万寿寺位于虎方，钟声必然造成“龙弱虎强”。这样一个愚蠢、可笑的理由，便使熹宗朱由校下旨“卧钟于地”。直到清代雍正年间，超度冤魂的秘密和“龙弱虎强”的威胁都已成为历史，永乐大钟才被重新悬挂在觉生寺后的大钟楼上。