斯蒂芬反对宗教改革，支持正统天主教和耶稣会活动。他大力建设耶稣会学院，其中包括维尔纽斯大学的前身。斯蒂芬整顿了波兰经济，确立波兰货币“格罗什”为国内统一支付手段。

1586年，斯蒂芬因尿毒症而死。

斯蒂芬成为波兰国王后，娶安娜・雅盖洛为妻。他们俩名义上共治波立联邦，但实权在斯蒂芬手中，妻子并无实权。斯蒂芬死后，安娜介入了新一轮王选。

安娜・雅盖洛（1523-1596），西吉斯孟德二世的妹妹，斯蒂芬・巴托里之妻，名义上的波兰女王，先是与丈夫、后与外甥共治国家。

1587-1632 西吉斯孟德三世・瓦萨

瑞典王子，来自瑞典瓦萨王室，是瑞典瓦萨王朝国王约翰三世与雅盖洛家族凯瑟琳・雅盖洛之女。作为雅盖洛家族的外孙而得到姨母、斯蒂芬国王遗孀安娜・雅盖洛支持支持，被议会大部分议员选为国王。

西吉斯孟德三世登基时，奥地利皇室的马克西米利安三世纠集一些什拉赫塔，也来争夺王位，却被西吉斯孟德俘获（1588年），次年获释，被迫放弃对波兰国王的宣称权。

《西吉斯孟德三世国王骑马像》，鲁本斯，约1624年。

作为瑞典王位继承人，1592-1599年西吉斯孟德三世一度兼任瑞典国王，力图将波立联邦和瑞典合并。但因他极力支持天主教的宗教反改革，后来新教信徒居多的瑞典议会另选他的叔叔卡尔九世为瑞典国王，将西吉斯孟德三世赶下台。他一辈子都在谋求恢复王位，甚至为此不惜与瑞典开战，但到死都未能复位。

波兰-立陶宛联邦与瑞典合并的尝试（1592-1599年）

西吉斯孟德由耶稣会士教育长大，虔诚信仰正统天主教。大力压制新教，通过1596年的“布列斯特联合”创立东仪天主教会（又称联合教会、合并派等）来吸收东正教徒加入。东仪天主教保留东正教传统仪轨，但要求信徒服从罗马天主教会。他的这一举措激化了西罗斯地区的宗教矛盾。

西吉斯孟德三世与什拉赫塔阶层不睦。他大量依赖廷臣和耶稣会士进行统治，试图以朝廷代替议会和政府来行使王权，力图建立继承君主制，并企图将议会转变为只有建议权没有决定权的咨询机构，引发了所谓的桑多梅日团体反抗（1606-1609）。首领是克拉科夫省长泽布日多夫斯基。尽管反对派被国王击败，但国王面对国内强烈的反对，被迫宽恕了反对派参与者，并逐步在议会建立协商一致的制度，即议案要由所有议员一致通过才能生效。这一制度使波兰议会经常陷于瘫痪。

《斯卡尔加的布道》，1864年，杨・马泰科。此图反映了17世纪初，西吉斯孟德三世（下坐者）的宫廷牧师彼得・斯卡尔加（右立说话者）布道的场景。

西吉斯孟德极端敌视东正教俄罗斯和新教瑞典，向他们开战。

西吉斯孟德三世最成功的一次军事行动就是对俄罗斯的入侵。1605年俄罗斯沙皇鲍里斯・戈杜诺夫死后，波立联邦抓住机会，宣称伊凡雷帝的小儿子德米特里未死，推出“伪德米特里”作为俄国沙皇，进军莫斯科。虽然伪德米特里一度登基，但被莫斯科贵族杀死，莫斯科贵族另推举瓦西里・叔伊斯基为俄国沙皇。1609年，波兰再度入侵俄罗斯，围攻斯摩棱斯克，并攻占莫斯科。1610年，波兰王子弗拉季斯拉夫被莫斯科的“七贵族政权”推举为所谓的莫斯科大公。同年，波军俘虏了俄罗斯沙皇瓦西里・叔伊斯基，迫使他宣誓效忠“莫斯科大公”弗拉季斯拉夫王子。后来，俄国贵族和莫斯科东正教会推举了罗曼诺夫家族的米哈伊尔一世担任沙皇，并组织军队抵抗波兰。经过多年战争，1618年，波俄议和，波兰取得了斯摩棱斯克、切尔尼戈夫、谢维尔斯克等地，达到了军事上的极盛。

《被俘沙皇瓦西里・叔伊斯伊在华沙向元老院和波兰国王西吉斯孟德三世致礼》。杨・马泰科

之后，西吉斯孟德三世又先后与瑞典、土耳其交战，取得了许多胜利，巩固了南北边疆。

1632-1648 弗拉季斯拉夫四世・瓦萨

弗拉季斯拉夫为西吉斯孟德三世之子，同样出自瑞典瓦萨王室。1610年他被俄国七贵族政权选为沙皇。俄国建立罗曼诺夫王朝后，弗拉季斯拉夫仍自称莫斯科大公，直到1634年才放弃。

在波立联邦，西吉斯孟德三世去世后，议会很快选举了他儿子弗拉季斯拉夫为国王。这开创了波立联邦王位父传子的先例，体现了王权的强化。但国王登基仍需经过选举，王权受到限制，并最终再次走向弱化。