导演西蒙・金伯格说过，电影《黑凤凰》脱胎于漫画《黑凤凰传奇》。考虑到《X战警3：最后之战》也是魔改了这篇漫画，导演还专门强调，这次会更忠于原著。

那么，漫画到底讲了怎样的一个故事？

从“X战警”到“黑皇后”

在这次执行太空任务并遭受致命辐射后，琴的巨大潜力再也隐藏不住。

这为她引来了黑暗势力的觊觎。万磁王兄弟会的成员之一“幻象大师”（Mastermind）盯上了她，试图利用她的能力帮自己进入地狱火俱乐部的核心集团。

△地狱火俱乐部的历史最早可以追溯到18世纪，由一群落魄贵族和臭名远扬的浪子在英国建立。地狱火俱乐部并不以为变种人服务为宗旨，这个组织的首要目的是让会员们拥有更多的权利和财富。为此，他们会时常邀请一些在政界或商界的杰出人士加入，钢铁侠和绿魔都曾经受到过这个组织的邀请。

幻象大师将自己的幻觉投影到琴的心灵中，这些幻觉使琴相信自己是地狱火俱乐部的黑皇后。

接受黑皇后这一身份，意味着琴・葛蕾堕落的开始。自此，她逐渐打破了自己架设的心灵屏障，允许自己玩味极端的人类情感，一步步走向堕落。

黑暗凤凰，毁天灭地

成为黑皇后的琴，协助地狱火俱乐部追捕X战警。战斗中，琴打破了幻象大师对她的心灵控制，并冲垮了她心灵力量的最终屏障，体验到这股将自身淹没的力量，琴重新命名自己为“黑凤凰”。

△凤凰女黑化。

她击退了X战警，利用更为强大的幻觉迫使幻象大师发疯，自己则飞往星际。

但这趟遥远的星际旅行耗尽了她的能量，为了重新充能，她吞噬了D'Bari星的能量，导致超新星爆发，杀死了环绕此恒星的唯一文明星球上全部50亿人口。

为了阻止她摧毁其他星球，一艘希阿船舰向她发起攻击，却被黑凤凰轻易击毁。但在此之前，战舰已经成功警告希阿女皇莉兰德拉这个危机。

△希阿帝国（Shi'ar）同克里帝国、斯库鲁帝国一起，并称为漫威宇宙三大外星帝国。随着克里与斯库鲁的不断衰退，希阿目前已成为最年轻、最强大的太空帝国。图为希阿舰队。

包括克里和斯库鲁帝国代表在内的银河委员会当即做出了消灭黑凤凰的决定，因为“黑凤凰是一个比行星吞噬者（吞星）更严重的威胁”。

凤凰之死

在地球上，X战警计划建造一个装置来阻止琴运用她的力量。但他们也认为，如果有必要他们将摧毁琴，但更重要的义务是拯救她。

同一时间，黑凤凰返回地球，正面迎战X战警。

镭射眼试图说服琴停止战斗，X教授与琴进入一场心灵决斗。由于琴在内心反抗着凤凰，X教授得以利用他的心灵力量将黑凤凰人格埋入琴的心灵深处，允许琴的正常人格重新获得对身体的控制权。

在D'Bari星系被破坏后，希阿将X战警传送到一艘皇室的舰艇上，在那里，女皇莉兰德拉向X教授等人传达银河委员会的决定：委员会已同意黑凤凰必须被毁灭。

但X教授不想让自己的学生死亡，遂提出“荣誉决斗”，即：X战警与希阿帝国禁卫进行决斗，胜利者将决定琴的命运。

决斗在月球的蓝色区域进行。当目睹镭射眼被打倒，琴惊恐和悲伤的哭喊突破了X教授的心灵抑制，她再次变身黑凤凰。

莉兰德拉见状，决定启动“奥米加计划”，即摧毁整个太阳系以消灭黑凤凰。