从17世纪中叶开始，波兰-立陶宛联邦陷入了深刻的危机之中。首先是东方的起义引来了俄国的进攻，接着瑞典又发动了大规模的入侵，后来又有奥地利的干涉和土耳其的侵略。在国内，什拉赫塔阶层反对国王强化权力的努力，拒绝缴纳更高的税收。天主教与其他宗教的矛盾日益加剧，新教徒大部被逐出，而东正教徒则大多加入了俄罗斯。波兰的国力迅速衰竭，而俄国、瑞典、奥地利乃至新兴的普鲁士力量迅速加强，这些国家都把波兰当成自己走向强国之路的垫脚石。

1648-1668 杨二世・卡齐米日・瓦萨

瓦萨家族成员，波兰国王兼立陶宛大公西吉斯孟德三世之子、弗拉季斯拉夫四世之弟。

他出生在波兰-立陶宛联邦极盛时代的1609年，2岁时他哥哥弗拉季斯拉夫就攻入莫斯科，当了俄国沙皇。杨二世年轻时，也随着父兄一起东征西讨，进攻俄国、瑞典等国。但当杨1648年被选为波兰国王兼立陶宛大公时，波兰已经危机四伏。

波兰国王杨二世，丹尼尔・舒尔茨绘于约1658年

1646年后，东部第涅伯河沿岸的哥萨克接二连三地发动起义。弗拉季斯拉夫四世国王试图向哥萨克集团让步，却遭到什拉赫塔阶层的阻挠，因议会否决而未能成功。同时，波兰天主教会也不想向东方东正教徒让步。1648年，扎波罗热哥萨克领袖博格丹・赫梅尔尼茨基发动起义，夺取第涅伯河东岸全地，并攻入第涅伯河西岸及白俄罗斯地区，使波兰东部陷入巨大动荡之中。

1648年，赫梅尔尼茨基进入基辅，受到东正教信徒的欢迎

1648年底，杨二世成为波兰国王，他着手与驻扎在基辅的赫梅尔尼茨基谈判，并于次年达成《兹博罗夫和约》，波兰承认哥萨克格特曼政权自治，建立“边疆自治区”（“边疆”一词后演化为“乌克兰”）。

然而，双方并未将和约看得很重，仍积极准备战争。1651年，波立联邦议会下令出征乌克兰。于是，战端再启。波军起初进展顺利，但1654年赫梅尔尼茨基政权同俄罗斯沙皇签署《佩列雅斯拉夫尔条约》，加入俄罗斯，受沙皇庇护。于是，波兰东部的起义演化为俄波战争。

1654年，扎波罗热哥萨克与俄罗斯签署《佩列雅斯拉夫尔条约》，赫梅尔尼茨基向俄国沙皇阿列克谢的代表布图尔林宣誓效忠

俄波战争在1654-1667年间断断续续持续了13年，期间，瑞典又于1655年向波兰发动了大规模侵略。波兰无法同时对抗两个敌人，只好于1656年同俄国签署《维尔诺和约》，联合对抗瑞典。瑞典国王卡尔十世几乎征服了整个波兰王国和立陶宛大公国，迫使波兰国王杨二世逃往奥地利西里西亚（他母亲是奥地利公主），并乘胜入侵俄国。1658年，瑞典大胜俄国，迫使俄国与瑞典停战，并参加进攻波兰的阵营。勃兰登堡、普鲁士等国也一度加入瑞典阵营，几乎灭亡波兰。但在波兰什拉赫塔、市民及民众的英勇反抗下，瑞典军队无法长期占领波兰，只得撤出。随着丹麦等国加入对瑞典战争，瑞典于1660年同波兰签署《奥利瓦和约》，结束战争。通过战争，瑞典获得了爱沙尼亚和立沃尼亚，并使普鲁士从波兰独立出来。

1655-1660年波兰危机：东部（深绿）被俄国占领，西部（浅绿）被瑞典占领，波兰几乎亡国。普鲁士（黄绿色）从波兰独立。

同年，由于哥萨克同俄国的矛盾激化，赫梅尔尼茨基的继承者伊万・维戈夫斯基率领扎波罗热哥萨克重新加入波兰，这导致俄波战争再次爆发。俄军起初占据优势，后于1663-1664年被波兰国王击败。1667年，俄波签署《安德鲁索沃和约》，波兰失去了左岸乌克兰和斯摩棱斯克地区，俄国则退出余下的波兰领土。后来，1686年俄波又签署所谓的《永恒和约》，俄国花14.6万卢布买下了基辅城。

1687年的波立联邦：该国三十年间失地图。黄色为波兰，深粉为立陶宛。浅粉色显示波兰失地：东部被俄国占领（第涅伯河东岸、基辅、斯摩棱斯克），北部被瑞典占领（爱沙尼亚、立沃尼亚），西北被德意志占领。粉黄相间的是普鲁士公国，已经脱离波兰独立。

杨二世・卡西米日统治国家二十年，国家几乎灭亡。后虽靠着民众和外国人的力量恢复了波兰的独立，但波兰还是失去了左岸乌克兰、斯摩棱斯克、爱沙尼亚、立沃尼亚、普鲁士等领土，土地面积大大缩小。杨二世国王试图加强自己的权力，遭到什拉赫塔反对，最终议会于1669年将他驱逐。被驱逐的杨国王曾在奥地利居住，1672年客死法国。

1669-1673 米哈尔・科里布特・维什涅维茨基

米哈尔出身维什涅维茨基公爵家族。他父亲耶列米亚曾成功地击败了赫梅尔尼茨基的起义军，因此米哈尔在波兰危难时刻被选为国王。

波兰国王米哈尔

但米哈尔并没有什么能力，在遭到俄国和瑞典的痛击后，波兰再次遭受土耳其奥斯曼帝国入侵，失去了波多利亚地区（在今乌克兰西南部，包括文尼察、捷尔诺波尔等城市）。1673年，年仅33岁的米哈尔国王病逝。

1674-1696 杨三世・索别斯基