同一天，简女王就被剥夺女王身份，关进了伦敦塔。她在伦敦塔当女王，如今又在塔里当了囚徒。诺森伯兰公爵被关进了博尚塔，并很快于8月22日被处决。9月，英国议会宣布简是篡位者，玛丽才是合法女王。很快，英国人就摆出一副依法治国的架势，搞了一个特别法庭审理简篡位案件。

玛丽・都铎，英格兰女王玛丽一世，“血腥玛丽”

简、丈夫吉尔福德及其两个弟弟和原坎特伯雷大主教托马斯・克兰默都被推上了“叛国罪”的被告席。一大批天主教徒和支持玛丽的贵族成了审判官，包括伦敦市长托马斯・怀特爵士、诺福克公爵托马斯・霍华德、德比侯爵爱德华・斯坦利、巴斯侯爵约翰・布尔切。他们宣布，全部被告都犯有叛国罪，全部判处死刑。简可以由玛丽女王指定，处以火刑（英格兰针对女性叛国者的传统刑罚）或斩首。

不过，根据神圣罗马帝国在英国的使者报告，玛丽女王决定赦免简的死刑。这可能是因为简在整个“篡位”过程中并未发挥什么积极作用，也没有杀人，在民间和贵族中有不少人同情她。加上新登上王位，政局不稳，采取一些宽容的措施也有利于巩固自己的宝座。

然而，简的父亲、萨福克公爵亨利・格雷最终断送了简的生命。

亨利对女儿丧失王位耿耿于怀。1554年1月，由于玛丽女王计划与西班牙王子腓力结婚，引发了英国贵族对西班牙王子继承英格兰、实行英西合并的恐惧。在中世纪，通过联姻实现国家合并并不少见，如西班牙王国就是由阿拉贡和卡斯蒂利亚两王国通过联姻形成的，此外还有奥匈帝国、波立联邦也是如此。对此，亨利・格雷认为机会到来。他参与了由小托马斯・怀亚特领导的叛乱，试图阻止这场婚姻。实际上，这也是为了推翻玛丽女王、重建新教政权。

但叛乱并未成功。由于叛乱体现出简仍具有较高人气，玛丽女王决定将她处决。

1554年，即中国明世宗嘉靖三十三年，2月12日，行刑的日子来临了。行刑队首先在伦敦塔公开处决了吉尔福德，然后将他的尸体装在马上运走。据说，当运尸车经过简的牢房时，简大声呼喊：哦，吉尔福德，吉尔福德！

之后，简被带到刑场。她始终坚持自己是合法女王。据说，她向在场的群众发表了讲话，谴责玛丽是非法的，但还是说：我在上帝和你们基督徒面前洗净了双手。简朗诵了《圣经》中的《诗篇》第51章，“神啊，求你救我！”并将手套和手帕交给女仆。当行刑人问她还要忏悔什么，她说：“我希望你快点了结我。”

她指着头说：“能不能在我倒下之前把它处理了？”刽子手说：“不，夫人。”于是她蒙上了双眼。但她没有摸到断头台的位置，哭喊着说：“我该做什么？它在哪里？”伦敦塔的一位军官帮她找到了正确的位置。在最终行刑前，简又朗诵了《路加福音》中耶稣受刑前的言语：“父啊，我将我的灵魂交在你手里！”简・格雷被处决，年仅17岁。

简・格雷受刑（1833年法国画家德拉罗什绘）。面朝墙壁的是约翰・费肯汉，他被玛丽女王派来宣布死刑决定，但他本人并不愿意看到这一幕；帮简摸断头台位置的是伦敦塔上尉托马斯・布里吉斯爵士；左边女子是简的女仆，右为刽子手。

简死后，与丈夫吉尔福德合葬于伦敦塔北边绿地中的圣彼得与文库拉教堂。她的父亲萨福克公爵在11天后被处决。母亲弗朗西丝被玛丽女王赦免，一年后改嫁给了自己的“弼马温”兼管家阿德里安・斯托克斯，后于1559年自然去世。至于玛丽女王，她执政到1558年即去世，传位于同父异母妹妹伊丽莎白。虽然玛丽全力恢复天主教，杀害新教徒，得到了“血腥玛丽”之名，但伊丽莎白一上台便又恢复了英国的新教信仰。